Sau khi đuổi theo những bí ẩn Kamen Rider Dark Ghost - người bất ngờ xuất hiện, Takeru Tenkuji đến một ngôi làng kỳ lạ đầy đủ của các nhân vật lịch sử. Cố gắng thu thập 100 Eyecons, anh trai đã chết của Alain - Argos - Kamen Rider Dark Ghost - muốn tạo ra Ultimate Eyecon và biến tất cả mọi người trên trái đất thành những bóng ma. Trong khi đó, cha của Makoto, Daigo Fukami được nhìn thấy trong làng. Chuyển đổi thành Kamen Rider Zero Specter là đồng minh hay kẻ thù của Daigo?